Debido a las características histológicas no especificas halladas en E.C debe hacerse el diagnóstico diferencial con:

· Enteropatía ambiental.

· Sobrecrecimiento bacteriano intestinal.

· Enteritis eosinofílica.

· Gastroenteritis viral.

· Linfoma primario del intestino delgado.

· Síndrome de Zollinger Ellison